Luego de renegar un poco con Ubuntu 9.04 al configurar un alias de la eth0 (me usaba el IP del alias para realizar las conexiones salientes!), encontré que hay otras maneras de armar los alias, usando el comando ip.
ip addr add 192.168.5.101/24 brd + dev eth0 label "eth0:2"
Y para que se configure automáticamente, se puede agregar en /etc/network/interfaces: